Vanaf 2013 is er geen duidelijke classificatie van genetisch gemodificeerde voedingsmiddelen en kunnen verschillende classificaties worden gemaakt volgens verschillende normen volgens de praktijk.
Afhankelijk van de vraag of het genetisch gemodificeerde voedsel als standaard genetisch gemodificeerde bron bevat, kan het worden onderverdeeld in de volgende drie verschillende soorten:
(1) Genetisch gemodificeerde levensmiddelen die geen genetisch gemodificeerde levensmiddelen bevatten, verwijzen naar levensmiddelen die zijn afgeleid van genetisch gemodificeerde organismen, maar de producten zelf bevatten geen overgedragen genen.
(2) Genetisch gemodificeerde levensmiddelen bevatten wel genetisch gemodificeerde ingrediënten, maar hun kenmerken zijn tijdens de verwerking gewijzigd en de overgedragen actieve genen bestaan niet meer in genetisch gemodificeerde levensmiddelen.
(3) Genetisch gemodificeerde levensmiddelen bevatten actieve genetische componenten. Nadat mensen dergelijke genetisch gemodificeerde organismen of voedsel hebben gegeten, zullen de overgedragen genen en de inherente genen van de organismen het menselijk lichaam beïnvloeden.