Tweedimensionale gel-elektroforesetechnologie en massaspectrometrietechnologie zijn momenteel de meest gebruikte methoden voor het bestuderen van proteomics. Tweedimensionale gel elektroforese technologie maakt gebruik van eiwit iso-elektrische punt en moleculair gewicht verschil om verschillende eiwitten te onderscheiden. Hoewel het moeilijk is om eiwitten met een lage overvloed te onderscheiden door tweedimensionale gelelektroforese, heeft het hogere vereisten voor werking, maar de hoge doorvoer, goede resolutie en reproduceerbaarheid, en de kenmerken ervan in combinatie met massaspectrometrie maken het de meest populaire en betrouwbare Proteomics-onderzoeksmethoden. Tweedimensionale gel-elektroforesetechnologie en op massaspectrometrie gebaseerde proteomics-onderzoeksprocedures zijn monstervoorbereiding→iso-elektrische focus→polyacrylamide gelelektroforese→gelvlekken→uitzoekende eiwitvlekken van belang→in-gelvertering→massspectrometrieanalyse om peptiden te bepalen Vingerafdruk of gedeeltelijke aminozuursequentie→gebruiksdatabase om eiwit te bepalen. Proteomics onderzoek vereist eiwitscheiding in hoge resolutie en nauwkeurige en gevoelige massaspectrometrie-identificatietechnieken. De kleuring van eiwitten in gel-elektroforese beïnvloedt niet alleen de resolutie van eiwitscheiding, maar beïnvloedt ook de daaropvolgende identificatie van massaspectrometrie. Eiwitkleuring kan worden onderverdeeld in vier categorieën: organische reagenskleuring, zilverkleuring, fluorescerende kleuring en isotopenkleuring.
Unlu et al. stelden een fluorescentie differentiële display tweedimensionale elektroforese (F-2D-DIGE) kwantitatieve proteomics analysemethode voor. Differentiële gel elektroforese (DIGE) is een technische verbetering van 2-DE. Het combineert de methode van meervoudige fluorescentieanalyse. Het scheidt meerdere monsters gelabeld met verschillende fluorescentie op dezelfde gel en introduceert het interne The underlying concept. De eiwitten in de twee monsters worden gemengd met verschillende fluorescerende labels om 2-DE uit te voeren om de expressie van het eiwit in de twee monsters te detecteren, wat de nauwkeurigheid, betrouwbaarheid en herhaalbaarheid van de resultaten aanzienlijk verbetert. In DIGE-technologie heeft elke eiwitvlek zijn eigen interne standaard en kan de software zijn expressie automatisch kalibreren volgens de interne standaard van elke eiwitvlek om ervoor te zorgen dat de gedetecteerde eiwitrijkdomsveranderingen waar zijn. DIGE-technologie is toegepast in verschillende monsters.