Degenen die tegen genetisch gemodificeerd voedsel zijn, hebben te maken met een breed scala aan belangengroepen, van Greenpeace tot boerenverenigingen tot christelijke kerken, enzovoort. Hun oppositie concentreert zich op drie gebieden:
Ten eerste is genetische modificatie tegen de natuur en daarom schadelijk. De voorstanders beweren dat de gewassen van vandaag niet langer primitieve variëteiten zijn, anders zouden de groenten die mensen eten hetzelfde moeten zijn als het gras dat dieren eten.
Ten tweede, nadat genen met herbicideresistentie of toxische ongediertedodende functies in planten zijn geïntroduceerd, is het voedsel dat ze bieden veilig voor mensen? In antwoord op dit punt benadrukten de voorstanders dat tot nu toe geen gekwalificeerde onderzoeksinstellingen bewijs hebben gevonden dat genetisch gemodificeerde voedingsmiddelen de menselijke gezondheid schaden, maar dat hun langetermijneffect alleen kan worden afgeleid en dat het moeilijk is om uitgebreid bewijs te verkrijgen om mensen te overtuigen.
Ten derde, is het mogelijk dat de bevordering van genetisch gemodificeerde planten ook haastig van invloed is op de landbouw en het ecologische milieu? De bevordering van genetisch gemodificeerde gewassen die resistent zijn tegen herbiciden kan boeren aanmoedigen om herbiciden te veel te gebruiken, waardoor sommige niet-hoofdgewassen worden geschaad of zelfs uitsterven. Veel boeren in ontwikkelingslanden hebben dergelijke niet-hoofdgewassen gebruikt als aanvullend voedsel of als diervoeder. De Amerikaanse Fisheries and Wildlife Administration heeft ontdekt dat 74 plantensoorten worden aangetast door herbiciden en bedreigd zijn.